PCR技术的原理类似于DNA的天然复制过程，PCR仪工作原理其特异性依赖于靶序列两端互补的寡核苷酸引物，由变性-退火-延伸三个基本反应步骤构成 [2] 。
1. 模板DNA的变性
模板DNA经加热*93℃左右*定时间后，使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA*离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备。
2. 模板DNA与引物的退火(复性)
模板DNA经加热变性成单链后，温度降*55℃左右，引物与模板DNA单链互补序列配对结合。
3. 引物的延伸
DNA模板-引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成*条新的与模板DNA链互补的半保留复制链。
重复循环变性-退火-延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。PCR仪工作原理每完成*轮循环需2~4分钟，如此反复进行，每*轮循环所产生的DNA均能成为下*轮循环的模板，每*轮循环都使两条人工合成的引物间的DNA特异区拷贝数扩增1倍，PCR产物以2的指数形式迅速扩增，经过25~30轮循环后(2~3小时)，理论上可使基因扩增109倍以上，实际上*般可达106~107倍。
